Сьогодні люди, які прагнуть перевозити товари (або переїхати людей), можуть усвідомити, що не завжди має сенс дотримуватися лише одного способу транспортування. Наприклад, вантаж може бути вивантажений з корабля на вантажний автомобіль, який передає його на залізницю, з якої він буде переміщуватися по країні поїздом. Інтермодальні перевезення можуть бути більш ефективними та дешевшими; в деяких випадках, однак, він має виражені недоліки з точки зору швидкості та надійності.
Швидкість
Хоча інтермодальні перевезення надають переваги відносно низьким витратам у порівнянні з іншими методами, воно отримує це за рахунок зниження швидкості; в будь-який час вантаж переноситься на порівняно повільнішу дорогу, наприклад, на поїзди, які працюють на фіксованих рейках, які можуть не пропонувати як прямий маршрут, оскільки дороги, які використовує вантажівка, уповільнюються. Щоб працювати з максимальною ефективністю, інтермодальні перевезення повинні також скоротити час, витрачений на очікування в сховищах для прибуття нового перевізника або для розвантаження вантажу.
Відсутність надійності
Внаслідок своєї залежності від більш ніж одного режиму транзиту, інтермодальні перевезення також підлягають зниженню загальної надійності; У міру зростання ланцюжка різних режимів зростає ймовірність того, що будь-яка ланка у ланцюзі руйнується. Це особливо проблематично, коли одним з видів транспорту є залізничний транспорт; залізниці більш сприйнятливі до затримок, спричинених поганою погодою або відмовою обладнання. З цієї причини, а також занепокоєння швидкістю, вантажовідправники, які потребують надійного високошвидкісного транспортування, рідше розглядають інтермодальні системи.
Пошкодження
Всякий раз, коли вантаж повинен переміщатися, вантажовідправники ризикують можливістю пошкодження, оскільки вантаж переноситься з одного способу перевезення на інший. На щастя, цю небезпеку можна пом'якшити, але зазвичай це передбачає перевантаження, додаючи більше захисних і захисних матеріалів, ніж це зазвичай вважається достатнім. Це додає ваги та витрати частково протидіє перевагам інтермодальних перевезень з точки зору енергоефективності та витрат.
Високі витрати на інфраструктуру
Інтермодальні вантажні перевезення також страждають від порівняно високих витрат на інфраструктуру. Контейнеризація знизила вартість і складність транспортування товарів шляхом стандартизації їх форми; вантажовідправники можуть легко переміщати той же контейнер з корабля до поїзда до вантажівки. Проте обробка цих контейнерів вимагає, щоб вантажовідправники мали важкі крани та обладнання, необхідне для маніпулювання великими контейнерами; ця інфраструктура може не існувати в усіх місцях, особливо в країнах, що розвиваються.